Establishing Wikidata as the central hub for linked open life science data

German summary: Der wunderbaren Wikidata-Community ist es zu verdanken, dass jedes menschliche Gen (laut dem United States National Center for Biotechnology Information) jetzt durch einen Eintrag auf Wikidata repräsentiert wird. Benjamin Good and Andra Waagmeester haben uns dankenswerterweise einen kurzen Bericht über ihre Arbeit mit Wikidata zur Verfügung gestellt.


Thanks to the amazing work of the Wikidata community, every human gene (according to the United States National Center for Biotechnology Information) now has a representative entity on Wikidata. We hope that these are the seeds for some amazing applications in biology and medicine. Here is a report from Benjamin Good and Andra Waagmeester on their work with Wikidata.

Graphical representation of the idealized human diploid karyotype, showing the organization of the genome into chromosomes. This drawing shows both the female (XX) and male (XY) versions of the 23rd chromosome pair. By Courtesy: National Human Genome Research Institute [Public domain], via Wikimedia Commons

The life sciences are awash in data.  There are countless databases that track information about human genes, mutations, drugs, diseases, etc.  This data needs to be integrated if it is to be used to produce new knowledge and thereby improve the human condition.  For more than a decade many different groups have proposed and many have implemented solutions to this challenge using standards and techniques from the Semantic Web.  Yet, today, the vast majority of biological data is still accessed from individual databases such as Entrez Gene that make no attempt to use any component of the Semantic Web or to otherwise participate in the Linked Open Data movement.  With a few notable exceptions, the data silos have only gotten larger and problems of fragmentation worse.

In parallel to the appearance of Big Data in biology (and elsewhere), Wikipedia has arisen as one of the most important sources of all information on the Web.  Within the context of Wikipedia, members of our research team have helped to foster the growth of a large collection of articles that describe the function and importance of human genes. Wikipedia and the subset of it that focuses on human genes (which we call the Gene Wiki), have flourished due to their centrality, the presence of the edit button, and the desire of the larger community to share knowledge openly.

Now, we are working to see if Wikidata can be the bridge between the open community-driven power of Wikipedia and the structured world of semantic data integration.  Can the presence of that edit button on a centralized knowledge base associated with Wikipedia help the semantic web break through into everyday use within our community?  The steps we are planning to take to test this idea within the context of the life sciences, are:

  1. Establishing bots that populate Wikidata with entities representative of three key classes: genes, diseases, and drugs.
  2. Expanding the scope of these bots to include the addition of statements that link these entities together into a valuable network of knowledge.
  3. Developing applications that display this information to the public that both encourage and enable them to contribute their knowledge back to Wikidata.  The first implementation will be to use the Wikidata information to enhance the articles in Wikipedia.

We are excited to announce that the first step on this path has been completed!

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Wikimedia:Woche 33/2014

Hier kommt die 33. Ausgabe der Wikimedia:Woche im Jahr 2014. Dieser herstliche Newsletter wird gemeinschaftlich von Projektaktiven und Wikimedia Deutschland erstellt, serviert in kleinen Häppchen Aktuelles und Brisantes aus der internationalen Wikimedia-Welt und möchte zum Weiterlesen anregen.

Die Woche entsteht in einem offenen Redaktionsprozess: Wenn du über die internationalen Kanäle auf Links oder Storys stößt, die für die lokale Arbeit der deutschsprachigen Community von Relevanz sein können, hinterlasse einen Hinweis in der nächsten Woche! Du kannst entweder selber einen Teaser-Text vorbereiten, oder einfach nur einen Link setzen, den wir dann vor Versand mit einer Zusammenfassung dekorieren.

Wenn du Wünsche zur Woche im Allgemeinen oder Anregungen zur Abdeckung spezieller Themen hast, melde dich gerne in den Kommentaren. Allen Mitwirkenden gilt hier wie gewohnt besonderer Dank.

Viel Vergnügen beim Lesen!

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OER – wie geht es richtig?

Mit “Best Practice OER” laden Wikimedia Deutschland und die Technologiestiftung Berlin zu einer zweiteiligen Veranstaltungsreihe zu Freien Bildungsmaterialien. Am 22. Okober geht es um OER-Praxis, am 5. November um Policy Making.

Bild von Libby Levi , CC-BY-SA 2.0 via Flickr

Über Open Educational Resources wird viel diskutiert, nicht zuletzt im Rahmen der OER-Konferenz. Doch viele Diskussionen finden auf eher abstrakter Ebene statt. In der zweiteiligen Veranstaltungsreihe “Best Practice OER” steht daher das konkrete Tun im Vordergrund. Die Reihe ist eine Kooperation zwischen der Technologiestiftung Berlin (TSB) und Wikimedia Deutschland.

Am 22. Oktober steht die Diskussion unter der Überschrift “OER-Praxis”. Im Format einer Talkrunde berichten die Teilnehmenden über ihre persönlichen Erfahrungen, Fehler und Erfolge im Erstellen von Freien Bildungsmaterialien. Auf dem Podium diskutieren:

Am 5. November diskutieren wir dann “Policy Making”. Wie können Politik und Institutionen mit OER umgehen? Welche Ansätze gibt es? Was sind die Schwierigkeiten einer konkreten Umsetzung? Diese Fragen diskutieren:

Auch wer nicht vor Ort dabei sein kann, kann mitmachen: Die Diskussionen werden über die entsprechenden Veranstaltungsseiten der TSB live gestreamt und können aktiv per Chat mitgestaltet werden (hier OER-Praxis, hier Policy Making).

  • Wann: 22. Oktober und 5. November, jeweils 19:00 bis 20:30 Uhr
  • Wo: Wikimedia Deutschland, Tempelhofer Ufer 23-24, 10963 Berlin
  • Eintritt: Frei
  • Anmeldung: Bis zwei Tage vor der Veranstaltung per E-Mail an seitz(at)technologiestiftung-berlin.de
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Dringlichkeit besteht immer: Die Digitalisierung der Arbeitswelt

Die dritte Veranstaltung der Reihe Digitale Kompetenzen befasste sich am 29. September mit der Digitalisierung der Arbeitswelt. Sabria David vom Slow Media Institut und Prof. Dr. Tim Hagemann von der Fachhochschule der Diakonie in Bielefeld diskutierten mit den etwa 50 Teilnehmenden über die Veränderungen, die die zunehmende Digitalisierung im Arbeitsalltag mit sich bringt und die damit einhergehenden Folgen für ArbeitnehmerInnen und -geberInnen.

Sabria David vom Slow Media Institut erläuterte in ihrem Vortrag die Auswirkungen der Digitalisierung auf die Arbeitswelt, Bild von Christopher Schwarzkopf, CC-BY-SA 4.0 via Wikimedia Commons

Der Titel der Veranstaltung “Digitalisierung der Arbeitswelt – zwischen Kollaboration und Selbstausbeutung” war zugegebenermaßen reißerisch formuliert, sollte aber auch zum Ausdruck bringen, dass es sich hierbei eigentlich um ein kontroverses Thema handelt.Gleichwohl hielt Sabria David in ihrem Impulsvortrag fest, dass die Digitalisierung überwiegend positive Effekte auf das Arbeitsleben hat, denn sie fördert in erheblichem Maße Kreativität und Innovation zum Beispiel durch technische Entwicklungen wie Wikis. Was sich allerdings nicht im selben Tempo wie die Technik mit verändert – und da waren sich Sabria David und Prof. Hagemann einig – ist die Kultur, wie mit der voranschreitenden Digitalisierung umgegangen wird.

Grundzustand der Technik früher: AUS

Grundzustand der Technik heute: AN

Deutlich wird das, so David, am Beispiel der E-Mail als Nachfolgerin des klassischen Briefes: Früher wurde die Post einmal am Tag geliefert und bearbeitet, damit war der Tag frei für andere Aufgaben. Heute treffen kontinuierlich Nachrichten im digitalen Posteingang ein und die wenigsten Menschen checken ihre E-Mails nur einmal täglich. Hinzu kommt, dass E-Mail-Kommunikation meist nicht besonders effizient organisiert ist und es leicht zu einer wahren Flut an Mails kommt – Die Kommunikation über E-Mails ist daher als kollaboratives Arbeitswerkzeug eher ungeeignet.

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Transatlantische Arbeit an strukturierten Daten in Berlin

The English version of this post can be found here.

Letzte Woche hatte Wikimedia Deutschland Besuch zu einer ganz besonderen technischen Gesprächsrunde in der Berliner Geschäftsstelle. Mitglieder des Multimedia-Teams der Wikimedia Foundation in San Francisco, Entwicklerinnen und Entwickler für Wikidata bei Wikimedia Deutschland und Mitglieder der Freiwilligen-Community kamen dort zusammen, um Wikimedia Commons und strukturierte Daten zu besprechen.

Strukturierte Daten war in vielen technischen Gesprächen auf der diesjährigen Wikimania in London ein wichtiges Thema. Es handelt sich um das Prinzip hinter Wikidata — einer freien Wissensdatenbank, in der Daten gefiltert, sortiert und abgefragt werden können. Auch mit der Möglichkeit zur Bearbeitung durch Menschen und Maschinen geht es über die Speicherung von Wikitext in einer spezifischen menschlichen Sprache hinaus. Die Technik im Maschinenraum von Wikidata ist ein Projekt namens Wikibase, mit dem Daten strukturiert gespeichert werden können. Ideen, dass Wikimedia Commons, der freie Fundus an Mediendateien, von strukturierten Daten und dem Einsatz von Wikibase profitieren könnten, gab es schon seit geraumer Zeit, ebenso Überlegungen dazu, Commons einfacher in der Benutzung zu machen und die lizenzkonforme Nachnutzung von Bildern zu vereinfachen. Das einwöchige Meeting in Berlin brachte Wikimedianer von beiden Seiten des großen Teichs zusammen und markierte einen Startpunkt für den Planungs- und Diskussionsprozess.

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Transatlantic work on structured data in Berlin

Die deutsche Version dieses Beitrags findet sich hier.

Last week Wikimedia Deutschland was happy to welcome guests for a special technical discussion that spawned an entire week at the headquarters in Berlin. Members from the multimedia team of the Wikimedia Foundation in San Francisco, members from the team developing software for Wikidata at Wikimedia Deutschland and technical experts and developers from the volunteer community came together to discuss Wikimedia Commons and structured data.

Structured data was an important topic in many talks on technology at this year’s Wikimania in London. It is the principle behind Wikidata — a free knowledge base with data that can be filtered, sorted, queried, and of course edited by machines and human beings alike, all in a way that goes beyond storing wikitext in a specific human language. The technology in the engine room of Wikidata is a software project called Wikibase which stores data in a structured way. Ideas that Wikimedia Commons, the free repository of media files, could benefit from structured data and Wikibase have been floating around for a long time, as have thoughts about making Commons more user-friendly and make license-conforming re-use of pictures easier. The weeklong meeting in Berlin marked the starting point of a planning and discussion process that brought together Wikimedians from both sides of the pond.

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Wiki Loves Monuments 2014 – eine statistische Auswertung

Dieser Beitrag entstand zusammen mit Bernd Gross, basierend auf dessen umfangreicher Analyse des diesjährigen Wettbewerbs Wiki Loves Monuments. Der Text wurde in Teilen direkt übernommen.

Seit 2011 gilt Wiki Loves Monuments (WLM) als der weltweit größte Fotowettbewerb mit den meisten Einreichungen. Dabei stellen Fotografen ihre Bilder zu Kulturdenkmalen zur freien Weiternutzung über das Medienarchiv Commons zur Verfügung. Der internationale Wettbewerb fand nun bereits zum 4. Mal statt. Eine statistische Auswertung von Bernd Gross gibt einen interessanten Einblick:

WLM-2014 Deutschland: Zahl der täglich hochgeladenen Fotos (kumulativ), Datei: Dr. Bernd Gross, CC-BY-SA 4.0

Für Deutschland wurden 35.666 Fotos (Stand 3.10.) zu Kulturdenkmalen hochgeladen. Insgesamt haben sich 40 Länder mit rund 250.000 Fotos an diesem Wettbewerb beteiligt. Der Anteil Deutschlands liegt somit bei 14 %.

Bayern liegt dabei in Deutschland mit 8938 Bildern weit vorne. Von Kulturdenkmalen aus dem Freistaat wurden annähernd doppelt so viele Bilder hochgeladen, wie aus den zweit- und drittplatzierten Bundesländern Thüringen (4722) und Sachsen (4187). Die gesamte Aufstellung nach Bundesland findet sich hier.

An dem Wettbewerb beteiligten sich 651 Fotografinnen und Fotografen (User auf Commons), von denen 477 (= 73%) zum ersten Mal an einem der großen Wikimedia-Fotowettbewerbe teilgenommen haben. Die verbleibenden 174 Teilnehmenden waren bereits in mindestens einem der WLM-Wettbewerbe der Vorjahre bzw. im Rahmen des Fotowettbewerbs um Naturschutzgebiete “Wiki Loves Earth” aktiv. Von 570 WLM-Teilnehmern im Jahr 2013 beteiligten sich 99 erneut im Jahre 2014 an WLM, was 17 % entspricht. Im Jahr davor lag diese “Wiederholungsquote” bei lediglich 12 %, und im Jahr 2012 nur bei 9 %.

Uploads im Rahmen des Fotowettbewerbs “Wiki Loves Monuments” in Deutschland in den Jahren 2011-2014, Datei: Dr. Bernd Gross, CC-BY-SA 4.0

An sämtlichen bisherigen vier WLM-Wettbewerben 2011 bis 2014 nahmen 27 Wikimedianer teil. Auch dazu findet sich eine ausführliche Liste auf der Projektseite.

Der Erfolg des Fotowettbewerbs misst sich vor allem aber auch an der Weiternutzungsrate der Bilder. Am 5. Oktober 2014 – also wenige Tage nach Abschluss des Wettbewerbs – waren bereits 5948 Fotos (=17 %), die im Rahmen von Wiki Loves Monuments 2014 (de) hochgeladen wurden, in Artikel oder Listen der deutschsprachigen Wikipedia bzw. von Schwesterprojekten und anderssprachiger Wikipedias eingebunden. Die Galerien dieser Fotos sind hier zu sehen.

Es kann davon ausgegangen werden, dass viele Fotos in den kommenden Monaten in Artikel und Listen eingebunden werden und eine Nutzungsrate von ca. 30-40 % erreicht wird.

Die Juroren des Wettbewerbs werden sich vom 17. bis 19. Oktober in Hamburg treffen, um die Gewinner auszuwählen.

Mit Unterstützung durch Wikimedia Deutschland werden die Ergebnisse des Wettbewerbs auf der vom 6. bis zum 8. November 2014 in Leipzig stattfindenden denkmal-Messe, der Europäischen Messe für Denkmalpflege, Restaurierung und Altbausanierung vorgestellt.

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Wikipedianer im Sauerland – Große Vorfreude auf GLAM on Tour im Haus Hövener

Bergarbeiter in Nuttlar, um 1900. Quelle: http://www.schieferbau-nuttlar.de/, public domain

Am kommenden Wochenende reisen Wikipedianerinnen und Wikipedianer, größtenteils aus dem Sauerland, nach Brilon, um sich mit der Montanindustrie zu beschäftigen. Von Freitag bis Sonntag öffnet das Museum Haus Hövener seine Pforten und zeigt seine Schätze, um GLAM-Aktiven einen vertieften Einblick in die Geschichte der Stadt zu geben, die eng mit dem Bergbau verflochten ist. Auch diesmal gibt es ein breites Kultur- und Informationsangebot, für jeden ist etwas dabei: Bei der durchgängig laufenden Schreibwerkstatt kann man sich konzentriert der Artikelarbeit widmen (eine umfangreiche Handbibliothek wird zur Verfügung gestellt) oder sich aber aktiv und hautnah auf den echten Pfaden des Bergbaus wandeln. Bei einer Exkursion nach Marsberg wird unter fachlicher Führung der Kilianstollen besichtigt, in Olsberg geht es ins Innere des Philippstollens. Die Tour durch Brilons Stadtkern mit Fokus auf denkmalgeschützte Gebäude gibt viel Gelegenheit zum Fotografieren; einen Einführungsworkshop für Neulinge aus der Region gibt es auch. Das ausführliche Programm ist auf der Projektseite zu finden.

Die Veranstaltung ist das Ergebnis des Engagements von Siegfried von Brilon, einem lokalen Wikipedia-Beiträger, der sich seit Langem ehrenamtlich und mit viel Herzblut für das Museum und die Zusammenarbeit mit den Wikimedia-Projekten einsetzt. Schon vor einiger Zeit hat er gemeinsam mit dem Vorstandsvorsitzenden des Briloner Geschichtsvereins dafür gesorgt, dass zahlreiche Gebäude in Brilon mit QRpedia-Codes versehen wurden, siehe Presseberichte “Museum geht mit der Zeit” und “Per Smartphone durch die Stadtgeschichte”. Für die beiden ist evident, dass die Zusammenarbeit mit Wikipedia neben neuen Inhalten für die Wikimedia-Projekte auch mehr Sichtbarkeit und Zulauf für das Museum bedeutet, wovon letztlich die ganze Stadt profitiert. Der Museumsdirektor Jens Meyer sieht in der Veranstaltung daher nicht nur einen einmaligen Besuch der Wikipedianer, sondern einen Auftakt für die weitere Zusammenarbeit.

Bei einem Pressegespräch vor Ort wurden Fragen der interessierten Lokaljournalistinnen und -journalisten beantwortet. Die resultierende Berichterstattung ist hier zu finden, das Interesse und die Vorfreude in Brilon ist groß:

Die Gastgeberin: Das Museum Haus Hövener in Brilon. Foto: Malchen53 CC-BY-SA-3.0, via Wikimedia Commons

 

 

Wikimedia Deutschland unterstützt und organisiert den Kontakt zwischen Kultur- und Gedächtniseinrichtungen und Aktiven der Wikimedia-Projekte. Eine Übersicht über alle GLAM on Tour-Stationen ist auf der GLAM on Tour-Webseite zu finden. Hier können unter “In Planung” auch eigene Vorschläge für Veranstaltungen zur Diskussion gestellt werden. Bereits bestehende Kontakte zu Kulturinstitutionen sind die besten Türöffner für die Begegnung zwischen Aktiven der Wikimedia-Projekte und Mitarbeitenden der Einrichtungen, die offen für Ideen und Vorschläge sind, wie ihre Bestände am besten nachgenutzt und sichtbar gemacht werden können.

 

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Wikimedia:Woche 32/2014

Hier kommt die 32. Ausgabe der Wikimedia:Woche im Jahr 2014. Dieser herstliche Newsletter wird gemeinschaftlich von Projektaktiven und Wikimedia Deutschland erstellt, serviert in kleinen Häppchen Aktuelles und Brisantes aus der internationalen Wikimedia-Welt und möchte zum Weiterlesen anregen.

Die Woche entsteht in einem offenen Redaktionsprozess: Wenn du über die internationalen Kanäle auf Links oder Storys stößt, die für die lokale Arbeit der deutschsprachigen Community von Relevanz sein können, hinterlasse einen Hinweis in der nächsten Woche! Du kannst entweder selber einen Teaser-Text vorbereiten, oder einfach nur einen Link setzen, den wir dann vor Versand mit einer Zusammenfassung dekorieren.

Wenn du Wünsche zur Woche im Allgemeinen oder Anregungen zur Abdeckung spezieller Themen hast, melde dich gerne in den Kommentaren. Allen Mitwirkenden gilt hier wie gewohnt besonderer Dank.

Viel Vergnügen beim Lesen!

Wikimedia:Woche 32/2014

Frühere Ausgaben sind archiviert unter:

Die Liste der Beitragenden kann der Versionsgeschichte der jeweiligen Ausgabe im Archiv in der Wikipedia entnommen werden. Die Wikipedia-Version der Ausgabe findet sich unter https://de.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Wikimedia:Woche/091014

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Der 4. Wikimedia-Salon – Was macht die Verdatung mit uns?

Unsere Daten sind sowieso verloren. Aber für die nächste Generation können wir etwas tun. Fukami

Am 2. Oktober wurde in der 4. Ausgabe von “Das ABC des Freien Wissens” diskutiert, welchen Einfluss Big Data auf verschiedene Lebensbereiche und vor allem auf den Datenschutz hat. Das Podium teilte sich in Optimisten und Skeptiker – zwei Pole, zwischen denen sich auch der öffentliche Diskurs bewegt.

Beim Plausch nach der Diskussion. By Agnieszka Krolik, CC-BY-SA-3.0, via Wikimedia Commons

  • Fukami (@fukami), IT-Sicherheitsexperte und Lobbyist, machte sich für den Schutz personenbezogener Daten stark. Er wies in seinem Eröffnungsvortrag darauf hin, dass der politische Aspekt von Datenverarbeitung und -sicherheit nicht neu sei. Bei der Volkszählung 1933 etwa wurde auf Lochkarten das Merkmal “Rasse” hinzugefügt, was zur Organisation der Deportationen genutzt wurde. Mit diesem drastischen Beispiel zeigte er auf, dass Datenaggregation im größeren Umfang immer dem Stärkeren helfe und im falschen Kontext  zur absoluten Katastrophe führen könne. Dennoch müssten Gesellschaften immer auch Risiken tragen, um sich entwickeln zu können. Die Krux dieses Risikomanagements in der IT sei jedoch, dass hier eben nicht die Fehlerverursacher, sondern Dritte betroffen sein könnten. Die Komplexität des sogenannten Third Party Risk Assessement in der aktuellen Datenschutzverordnung, die hier nur angerissen wurde, führte schließlich zum Plädoyer: Wer mit Sicherheitsvorfällen nicht umgehen kann, sollte auch keine personenbezogenen Daten verarbeiten.
  • Lukas F. Hartmann (@mntmn), Programmierer und Musiker, berichtete darüber, wie er denkbar persönlichste Daten, seine Gene, an die Firma 23andme schickte. Er bekam die Rückmeldung, dass er eine gefährliche Erbkrankheit in sich trage – was sich nach eigener Recherche als Fehler herausstellte. Trotz dieser Geschichte, die geeignet ist, Skepsis gegenüber Big Data zumindest im medizinischen Bereich zu schüren, steht Hartmann den Entwicklungen weiterhin optimistisch gegenüber. Wobei allein der Hinweis auf psychisch weniger stabile Menschen, die auf eine entsprechende Hiobsbotschaft dramatischer reagieren könnten, beängstigende Szenarien erzeugen kann. “Wir sehen das Licht!”, meinte Hartmann und plädierte für die aufklärerische und erkenntnisfördernde Qualität von Big Data.
  • Bastian Greshake (@gedankenstuecke), Mitgründer openSNP und Open Science-Aktivist, meinte, dass man mit solchen Ausnahmefällen kein Mitleid haben brauche. Auf Greshakes Plattform können Genproben eingereicht werden, die dann frei jedem zur Verfügung stehen. Was, wenn diese Daten in “falsche Hände” geraten? – Die Menschen wüssten schon, was sie tun, meint Greshake. Und vor dem Hintergrund, dass ´Big Data´ in einigen Monaten, wenn die Festplattenpreise sinken, sowieso nur noch ´Data´ sei, wäre ein Aufbegehren gegen die Entwicklung sowieso vergeblich. Aus Greshakes Sicht überwiegen die faszienierenden Ausblicke durch Big Data für die wissenschaftliche Entwicklung, die Aussicht auf Beschränkungen im Namen des Datenschutzes sieht er als Gefahr gerade für die medizinische Forschung. Bioethik sei zwar wichtig, aber bei ordentlicher Aufklärung könne man auf die Mündigkeit des Einzelnen vertrauen.

Die Diskussion mit dem Publikum drehte sich darum, was geschieht, wenn Datenmonopolisten die Deutungshoheit über bestimmte Aspekte gewinnen. Ein Stichwort hierfür lautet etwa Precrime, eine düstere Vision, an deren Verwirklichung gegenwärtig bereits gearbeitet wird. Kann uns Big Data aber vielleicht auch empathischer machen? Muss man also eher daran arbeiten, die Gesellschaft dahin zu bringen, dass Daten niemandem mehr schaden können? Die Bewertung von Big Data und ihren Effekten, das wurde klar, hängt auch von nichts weniger als dem grundlegenden Menschenbild ab, das man sich für die Zukunft wünscht und entwickelt.

Fotos der Veranstaltung

Preview: Beim nächsten “ABC des Freien Wissens” im November sind wir bei E wie “ERINNERUNG”.

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